22. november 2016

Big data åbner op for ny behandling af aggressiv kræft

Kræftforskning

Danske forskere har i samarbejde med forskere fra Tyskland og Norge, udviklet en ny computer-metode til at analysere store datamængder fra mange tusinde kræftpatienter. Ved hjælp af disse ’big data’ er det nu muligt at klarlægge hvordan kræftgener kan aktiveres. Forskerne har fundet ud af, at mutationer så at sige kan ’tænde’ kræftgener ved at flytte aktive DNA-dele hen i nærheden af kræftgenet og dermed forårsage ukontrolleret cellevækst. Den viden åbner op for nye behandlingsmuligheder for patienter med især aggressive kræftformer, såsom hjernekræft og kan forbedre overlevelsen for disse patienter.

Kræft skyldes mutationer (ændringer) i vores DNA som sker ved en lang række påvirkninger fra omgivelserne. De kan være arvelige eller opstå spontant. Især større ændringer af vores DNA (også kaldet strukturelle varianter) hvor dele af DNA’et enten bliver tabt, kopieret eller flyttet, er forbundet med aggressiv kræft. De fleste af disse typer ændringer sker i DNA-områder som tidligere blev betragtet ikke at have nogen funktion (ikke protein-kodende), områder også kaldet ’junk DNA’. Nyere forskning har dog vist at disse ikke-kodende områder kan spille en væsentlig rolle, og de nye resultater fra Weischenfeldt gruppen som arbejder ved Finsenlaboratoriet, Rigshospitalet og BRIC, Københavns Universitet, viser at ændringer i disse områder kan have alvorlige konsekvenser og resultere i øget celledeling.

'Vi har fundet ud af, at strukturelle varianter kan ødelægge og ændre DNA’ets 3D struktur, hvilket kan medføre, at kræftgener der normalt befinder sig i et lukket, inaktivt område, pludselig bliver bragt tæt på særlige aktive områder af DNA’et. Herved bliver kræftgenet aktiveret, og dette kan medføre ukontrollabel cellevækst', forklarer forskningsleder Joachim Weischenfeldt.

Figuren viser hvordan en overkrydsning mellem DNA områder kobler en aktiv enhancer til et kræftgen, som dermed aktiveres til at producerer bestemte proteiner som øger cellevækst. Figur Joachim Weischenfeldt.

Ny viden i kombination med eksisterende lægemidler
Hos en del kræftpatienter er den genetiske årsag til kræft ukendt, hvilket forringer muligheden for at finde egnede lægemidler. Den nye opdagelse fra Weischenfeldt gruppen forbedrer muligheden for at finde årsagen til hvorfor patienten har udviklet kræft og giver håb for patienter med især aggressive kræftformer.

'Vi har afdækket en ny måde hvorpå kræftgener kan blive ’tændt’ ved at flytte enhancers som er særlige gen-aktiverende områder af DNA’et, hen foran normalt ’slukkede’ kræftgener. Der findes allerede lægemidler målrettet mod disse ’enhancers’ og de kan potentielt bruges som behandling til at slukke kræftgenet igen. Næste skridt er at anvende resultaterne for bedre at målrette behandling af især aggressive kræftformer og dermed forbedre den enkelte patients overlevelse', fortæller Joachim Weischenfeldt.

Resultaterne er netop offentliggjort i tidsskriftet Nature Genetics og forskningen er delvis støttet af det Frie Forsknings Råd.